Linux initial makefile for hydra image processor.

src/c/makefile

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+# Set these for MATLAB/Python versions
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+MATALAB_DIR = /usr/local/MATLAB/R2017b
+# NOTE: Currently only builds against python3
+PYTHON_VER = python3.5
+PYTHON3_INC = /usr/include/$(PYTHON_VER)/
+NUMPY3_INC = /usr/include/$(PYTHON_VER)/
+PYTHON_LIB = /usr/lib/$(PYTHON_VER)/config-3.5m-x86_64-linux-gnu
+
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+# Default files and include dirs
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+
+CU_FILES := $(wildcard Cuda/*.cu)
+CUPP_FILES := $(wildcard Cuda/*.cpp)
+MEX_CPP_FILES := $(wildcard Mex/*.cpp)
+PY_CPP_FILES := $(wildcard Python/*.cpp)
+
+CUDA_OBJ = $(notdir $(CU_FILES:.cu=.o))
+CUDA_CPP_OBJ = $(notdir $(CUPP_FILES:.cpp=.o))
+MEX_CPP_OBJ = $(notdir $(MEX_CPP_FILES:.cpp=.o))
+PY_CPP_OBJ = $(notdir $(PY_CPP_FILES:.cpp=.o))
+
+CUDA_INC = -I./Cuda
+MEX_INC = -I./WrapCmds -I./Mex -I$(MATALAB_DIR)/extern/include
+PY_INC = -I./WrapCmds -I./Python -I./Python/py3c -I$(PYTHON3_INC) -I$(NUMPY3_INC)
+
+MEX_LIB = -L$(MATALAB_DIR)/bin/glnxa64/libmx.so -L$(MATALAB_DIR)/bin/glnxa64/libmex.so
+PY_LIB = -L$(PYTHON_LIB) -l$(PYTHON_VER)
+
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+# Common parameters
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+COMPILE_FLAGS = -std=c++11
+
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+# Nvidia nvcc parameters
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+NVCC_PATH = nvcc
+NVCC_FLAGS = $(COMPILE_FLAGS)
+SMODEL = -arch=sm_30
+NVCC_INC = -I/usr/include
+
+#C_COMPILER = g++
+#OMP_LIB = -lgomp
+
+C_COMPILER = clang++
+OMP_LIB = -liomp5
+
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+# gcc/g++/clang parameters
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+GCC_FLAGS = $(COMPILE_FLAGS) -fopenmp -fPIC
+GCC_LIBS = $(OMP_LIB)
+
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+# all projects to build
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+all: matlab python
+	@echo Finished compiling
+
+python: HIP.so
+	@echo Finished compiling python wrappers
+
+matlab: Mex.mexa64
+	@echo Fhinished compiling matlab wrappers
+
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+# link it all together
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+HIP.so: $(CUDA_OBJ) $(PY_CPP_OBJ) $(CUDA_CPP_OBJ)
+	$(NVCC_PATH) $(GCC_LIBS) $(PY_LIB) -shared $^ -o HIP.so $(SMODEL) --linker-options '--no-undefined'
+
+Mex.mexa64: $(CUDA_OBJ) $(MEX_CPP_OBJ) $(CUDA_CPP_OBJ)
+	$(NVCC_PATH) $(GCC_LIB) $(MEX_LIB) -shared $^ -o Mex.mexa64 $(SMODEL) --linker-options '--no-undefined'
+
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+# compile the cuda library files
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+%.o: Cuda/%.cu
+	$(NVCC_PATH) $(NVCC_FLAGS) $(SMODEL) --compiler-options '$(GCC_FLAGS)' -c $< -o $@ $(NVCC_INC) -dc
+
+%.o: Cuda/%.cpp
+	$(C_COMPILER) $(GCC_FLAGS) $(CUDA_INC) -c $< -o $@
+
+#########################################
+# compile the mex/python wrappers
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+%.o: Mex/%.cpp
+	$(C_COMPILER) $(GCC_FLAGS) $(MEX_INC) -c $< -o $@
+
+%.o: Python/%.cpp
+	$(C_COMPILER) $(GCC_FLAGS) $(PY_INC) -c $< -o $@
+
+#########################################
+# files to clean up
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+clean:
+	@echo Cleaning
+	rm -f *.o Mex.mexa64 HIP.so